Doanh nghiệp có mối quan hệ với doanh nghiệp của người thân trong gia đình hoặc quan hệ liên kết sở hữu chéo chiếm tỷ trọng trên 50% trên tổng doanh thu sẽ được cơ quan thuế đặc biệt "quan tâm, chú ý".
Một nội dung quan trọng tại dự thảo thông tư hướng dẫn một số nội dung về hóa đơn, chứng từ đang được Bộ Tài chính lấy ý kiến rộng rãi là xây dựng tiêu chí rủi ro để đánh giá, xác định doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro trong phát hành và sử dụng "hóa đơn điện tử".
Theo đó, doanh nghiệp, tổ chức kinh tế thuộc nhóm rủi ro cao về thuế và được chia thành 2 nhóm.
Nhóm thứ nhất gồm các đối tượng doanh nghiệp có vốn chủ sở hữu dưới 15 tỷ đồng và có một trong các dấu hiệu như không có quyền sở hữu, quyền sử dụng hợp pháp các cơ sở vật chất (phù hợp với ngành nghề đăng ký kinh doanh trên đăng ký thuế); Kinh doanh trong lĩnh vực khai thác đất, đá, cát, sỏi; Có giao dịch qua ngân hàng đáng ngờ theo quy định của pháp luật về phòng, chống rửa tiền…
Bên cạnh đó, nhóm doanh nghiệp có doanh thu từ việc bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ cho các doanh nghiệp khác, mà chủ các doanh nghiệp đó có mối quan hệ cha mẹ, vợ chồng, anh chị em ruột, hoặc quan hệ liên kết sở hữu chéo chiếm tỷ trọng trên 50% trên tổng doanh thu; Không kê khai thuế, nghỉ kinh doanh quá thời hạn thông báo tạm nghỉ; Đang sử dụng hóa đơn điện tử có sự thay đổi địa chỉ kinh doanh từ 2 lần trở lên trong vòng 12 tháng mà không khai báo hoặc không kê khai, nộp thuế…
Ngoài ra, còn có một trong các dấu hiệu khác như trong 1 năm, doanh nghiệp bị cơ quan thuế xử phạt vi phạm hành chính do sử dụng hóa đơn không hợp pháp, sử dụng không hợp pháp dẫn đến trốn thuế, khai thiếu nghĩa vụ thuế và bị xử phạt từ 20 triệu đồng trở lên; Bị cơ quan thuế xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn 2 lần/năm với số tiền phạt từ 15,8 triệu đồng trở lên; Bị cơ quan thuế ban hành quyết định xử phạt từ 3 lần/năm trở lên…
Nhóm thứ hai gồm các cơ sở kinh doanh mới thành lập (hoạt động dưới 12 tháng) có một trong các dấu hiệu như: Không góp vốn điều lệ theo quy định; Đăng ký kinh doanh nhiều ngành nghề; Chủ doanh nghiệp đăng ký kinh doanh tại địa phương khác nơi đăng ký hộ khẩu thường trú; Doanh thu tăng đột biến; Giá trị hàng hóa bán ra, thuế GTGT đầu ra bằng hoặc chênh lệch rất nhỏ so với đầu vào.
Trong đó, các doanh nghiệp có doanh thu lớn nhưng kho hàng không tương xứng, không có tài sản cố định hoặc lực lượng lao động không tương xứng (dưới 10); Thành lập và hoạt động trên địa bàn tỉnh này nhưng có hóa đơn đầu vào thuê nhân công của doanh nghiệp tỉnh khác; Thay đổi người đại diện trước pháp luật từ 2 lần trở lên trong vòng 12 tháng, hoặc thay đổi người đại diện trước pháp luật đồng thời chuyển địa điểm kinh doanh... cũng thuộc trường hợp có rủi ro cao.
Dự thảo cũng quy định một số trường hợp đặc thù sẽ phải áp dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế, trong đó đáng chú ý là trường hợp bán xăng dầu cho khách hàng là cá nhân không kinh doanh thì người bán tổng hợp dữ liệu tất cả các hóa đơn bán xăng dầu trong ngày theo từng mặt hàng để thể hiện trên bảng tổng hợp dữ liệu hóa đơn điện tử theo mẫu và chuyển dữ liệu về cơ quan thuế ngay trong ngày.
Trường hợp bán xăng dầu cho tổ chức, cá nhân kinh doanh, thì người bán chuyển đầy đủ nội dung hóa đơn.
Những trường hợp thuộc danh sách rủi ro cao về thuế sẽ được cơ quan thuế thông báo trực tiếp và chuyển sang sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế. Với những trường hợp này, sau thời gian 12 tháng, cơ quan thuế sẽ rà soát xác định, nếu đáp ứng điều kiện sẽ được chuyển sang sử dụng hoá đơn điện tử không mã của cơ quan thuế.